Nacházíte se zde: Úvod Publikace NLK Lékařská knihovna 2009 2009 č.1-2 Digitalizace v Národní lékařské knihovně

Digitalizace v Národní lékařské knihovně

Filip Kříž, Lenka Maixnerová, NLK

Úvod

Získávání, zpracování, trvalé uchování a zpřístupnění fondů a sbírek tradičních dokumentů je v prostředí knihoven relativně dobře a kvalitně zajištěno. Knihovny se však musí vypořádat s hrozbou ztráty tištěných dokumentů způsobenou degradací kyselého papíru, který se používal téměř 150 let a poškozením dokumentů častým používáním. Efektivním prostředkem pro uchování ohrožených publikací je jejich digitalizace a následné zpřístupnění v digitálních knihovnách, archivech nebo repositářích.

V souvislosti s rozvojem informačních a komunikačních technologií knihovny řeší získávání, zpracování, uložení a zpřístupnění nových typů dokumentů, které vznikly již elektronicky. Zejména se jedná o problémy dlouhodobého uchování a zpřístupnění těchto digitálních dokumentů.

Potřeba a nutnost dlouhodobě uchovávat a zpřístupňovat kulturní dědictví a vědecké informace v tradičních i elektronických dokumentech je formulována v iniciativě Komise evropských společenství i2010: Digital Libraries Initiative. Pro knihovny v České republice je určena Koncepce trvalého uchování knihovních sbírek tradičních a elektronických dokumentů v knihovnách ČR do roku 2010, která předpokládá vytváření oborových digitálních knihoven a archivů s návazností na systém Národní digitální knihovny.

Situace v NLK

Národní lékařská knihovna (NLK) se již v roce 2004 zapojila do programu MK ČR VISK 6 "Národní program digitálního zpřístupnění vzácných dokumentů Memoriae Mundi Series Bohemica" a v roce 2008 do programu MK ČR VISK 7 "Národní program mikrofilmování a digitálního zpřístupňování dokumentů ohrožených degradací kyselého papíru – Kramerius".

Následným logickým krokem je zpřístupnění výstupů uvedených programů uživatelům NLK.  Knihovníci a informační pracovníci NLK  rozvíjejí  aktivity  v získávání dokumentů a jejich  digitalizace dokumentů z fondu NLK.  Budování a údržba digitálního archivu (DA) je perspektivním úkolem NLK a vyžaduje investiční finanční prostředky.  

NLK zahájila spolupráci s českými nakladateli odborných biomedicínských periodik, která se soustřeďuje na možnosti získávání a zpřístupnění elektronických dokumentů v digitálním archivu. Neméně důležité je získávat obsah archivu přímo od autorů vědeckých informací a motivovat je k využívání DA pro archivaci a zpřístupňování jejich prací.

Digitální archiv NLK

Pro implementaci DA byl vybrán český systém Kramerius. Kramerius je software s otevřeným zdrojovým kódem produkovaný firmou Qbizm Technologies, na jehož vývoji se podílí Národní knihovna ČR (NK ČR), Knihovna Akademie věd ČR a Moravská zemská knihovna v Brně. Vývoj systému je zajišťován finančními dotacemi Ministerstva kultury ČR a Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy ČR. Systém Kramerius slouží ke zpřístupňování digitálních dokumentů v souladu s autorským zákonem. V současnosti podporuje periodika a monografie, do budoucna se plánuje rozšíření i pro ostatní typy dokumentů. Systém umožňuje replikaci dat mezi jednotlivými instalacemi.

Provoz DA zahrnuje tyto činnosti:

  1. Akvizice - výběr a získání dokumentů pro DA
  2. Zpracování
  3. Ochrana
  4. Zpřístupnění

Akvizice

Digitalizace tištěných periodik a monografií se odvíjí zejména od možností finančního rozpočtu NLK, neboť v programech VISK je vždy vyžadována spoluúčast přijemce. U vlastní digitalizace jsme omezeni kapacitou zpracovatelské linky a počtem digitalizačních pracovišť - zatím pouze 1. Digitalizují se primárně poničené exempláře vytištěné na kyselém papíru a často využívané příručkové publikace, které nemá NLK ve více výtiscích. Před zahájením digitalizace se vždy ověřuje, zdali daný dokument nedigitalizovala již jiná instituce v ČR. Pro tento účel je možné využít Registr digitalizace. U dokumentů, které vznikly již elektronickou cestou je klíčové zahájit spolupráci s nakladateli a autory. Toto se ukazuje jako problém - řada nakladatelů a autorů má neopodstatněnou obavu z podepsání smlouvy, která je podmínkou pro trvalou archivaci a zpřístupnění dokumentů v DA. Dalším zdrojem může být replikace digitalizovaných dokumentů, které má NLK ve fondu, z archivů jiných knihoven ČR na základě vzájemné dohody, zejména s Národní knihovnou ČR.

Zpracování

Pro všechny zdigitalizované dokumenty je vytvořen (pokud již neexistuje) bibliografický záznam v systému Medvik. Digitalizovaný dokument v DA a bibliografický záznam jsou vzájemně propojené přes URL odkazy, takže se uživatel dostane z bibliografického záznamu přímo do digitální verze a naopak. V případech velmi zničených exemplářů, mají uživatelé k dispozici už pouze digitální kopii.

U dokumentů, u nichž se provádí analytické zpracování (periodika, sborníky, grantové zprávy) se propojují jednotlivé složky (články) digitálního dokumentu s databází Bibliographia medica Čechoslovaca (BMČ).

Vlastní digitalizace

Dokument určený k digitalizaci je komplet naskenován v rozlišení 300 DPI (Plustek OpticBook 4600) a je automaticky provedeno OCR, výstupem je soubor ve formátu PDF s textovou vrstvou. Po kontrole kvality se následně digitální kopie rozdělí na jednotlivé soubory - části podle typu dokumentu a připojí se k bibliografickému záznamu v systému Medvik. Po doplnění a kompletaci technických a administrativních metadat je vyexportován XML soubor dle DTD Kramerius, který je následně importován do DA.

Zpracování dat z VISK a Manuscriptoria

Externě digitalizované dokumenty (program VISK 7) jsou získávány již ve formátu Kramerius - po kontrole a případných opravách metadat jsou data importována do DA. Pro potřeby konverze metadat ve formátu Manuscriptorium (VISK 6) byl vytvořen konverzní program, po nezbytných úpravách metadat a konverzi obrazových souborů na formát DjVu mohou být data importována do DA.

Zpracování dat od vydavatelů

Zpracování dat od vydavatelů velmi závisí na možnostech konkrétního vydavatele poskytnout digitální dokumenty, případně i metadata. Obvykle jsou získány soubory ve formátu PDF, které obsahují jednotlivé články nebo čísla časopisu, ke kterým je třeba metadata vygenerovat z katalogu Medvik a BMČ. Metadata jsou obvykle předávána jako XML soubory v nestandardních formátech.

Ochrana

Zajištění dlouhodbé ochrany digitálních dat je komplexní proces, který zahrnuje nejen technické prostředky ochrany, ale také zajištění organizace, financování, personální zabezpečení a řízení všech procesů probíhajících v systému digitálního archivu. Této oblasti se věnuje řada výzkumných projektů - např. PLANETS, CASPAR a DPE. V rámci těchto projektů vznikají praktické nástroje nejen pro provoz ale zejména pro plánování a řízení systémů pro dlohoudobou ochranu digitálních objektů - např.: PLATTER, DRAMBORA, TRAC.

NLK plánuje v blízké době tyto nástroje vyzkoušet v praxi a kontextu budovaného DA. Prozatím jsme se soustředili na organizaci základních funkcí archivu a technické zabezpečení provozu a bezpečnosti dat DA, které využívá infrastrukturu datového centra NLK vybudovaného v rámci projektu MEDVIK.

Zpřístupnění

Podmínky zpřístupnění digitalizovaných dokumentů jsou dány ochrannými lhůtami definovanými v Autorském zákoně. Volně přístupná mohou být periodika vydaná po roce 1888. V případě monografií po uplynutí 70 let od smrti autora. V opačných případech mohou být díla zpřístupněna pouze v rámci počítačové sítě NLK. V případě vědeckých a odborných dokumentů však není tento model z hlediska využitelnosti vhodný. NLK proto připravila Licenční smlouvu o užití díla pro autory, kteří mají zájem o archivaci a zpřístupnění svých děl s odborným obsahem, která stanovuje mimo jiné podmínky, za kterých lze dílo zpřístupnit v DA. S vydavateli kteří mají zájem o archivaci publikovaných titulů NLK uzavírá Smlouvu o poskytování elektronických online zdrojů. Začínáme také s archivací dokumentů zveřejněných pod licencemi Creative Commons (CC).

CC jsou licence, které umožňují legální využívání a sdílení autorských děl. CC vychází z toho, že existují lidé, kteří nechtějí využívat všechna práva k duševnímu vlastnictví, která jim zaručuje zákon, ale která mohou omezovat sdílení a využívání autorských děl. CC nabízí různá licenční schémata a držitelé autorských práv si mohou vybrat, jaká z autorských práv k dílu si chtějí ponechat a jakých se naopak vzdát ve prospěch veřejnosti. Používání CC v ČR je umožněno díky novele Autorského zákona č. 216/2006 Sb. Česká verze CC byla schválena na jaře 2009.

Obsah achivu

Digitální archiv NLK je přístupný na adrese http://www.medvik.cz/kramerius  a jeho obsahem jsou a mohou být následující materiály:

  • digitalizovaná tištěná periodika a monografie
  • digitalizované staré tisky
  • elektronické časopisy
  • závěrečné grantové zprávy (IGA MZ ČR)
  • konferenční materiály
  • digital-born dokumenty

K 16.11. 2009 obsahuje archiv 11 titulů periodik a přes 150 monografických titulů. Nově zpracované dokumenty jsou doplňovány obvykle týdně nebo jednou za 14 dní. Po zpracování plánovaných dokumentů se bude počet dokumentů v DA blížit 300. Aktuální seznam archivovaných dokumentů včetně popisu licencí a podmínek přístupu je uveden zde. Dokumenty byly/budou získány z následujících zdrojů.

Graf 1

Přestože Kramerius standardně podporuje archivaci pouze periodik a monografií, lze ho použít i pro jiné typy strukturou podobných dokumentů. Rozložení obsahu archivu podle fondů NLK je uvedeno v následujícím grafu.

Graf 2

Aktuální obsah archivu podle typu licencí je uveden v následujícím grafu.

Graf 3

Vybrané dokumenty

Digitalizovaná tištěná periodika

Digitalizace tištěných periodik byla v NLK zahájena v roce 2008 díky finanční dotaci z programu MK ČR VISK 7 Kramerius. Pro digitalizaci byla vybrána periodika, tištěná na kyselém papíru. Snahou bylo digitalizovat kompletní vydání (tj. od prvního do posledního vydaného čísla), což se bohužel ne vždy podařilo. NLK též zahájila digitalizaci periodik, které nejsou zničené, ale jsou často využívané. Pro digitalizaci periodik v rámci programu VISK 7 byla vybrána firma Ampaco ČR, ostatní periodika byla/jsou digitalizována přímo v NLK. Seznam tištěných periodik v DA:

Dokument, pouze část / Autor
Rok vydání - Fond - Licence
Zdroj
Katalog Archiv

Boj proti tuberkulose, 1930(11)-1950(31)
  1930-[195?] - Časopisy / periodika - az-ip

VISK 2008

Medvik

archiv

Věstník Masarykovy ligy proti tuberkulose, 1920(1)-1929(10)
  1920-1929 - Časopisy / periodika - az-ip

VISK 2008

Medvik

archiv

Zdraví, 1935(8)-1940(13)
  1928-[1940?] - Časopisy / periodika - az-ip

VISK 2008

Medvik

archiv

Zdraví lidu, 1923(1)-1940(18)
  1921-[1940?] - Časopisy / periodika - az-ip

VISK 2008

Medvik

archiv

Zdravotnická ročenka Československá, 1938(10)
  1928-1939 - Časopisy / periodika - az-free

NLK 2009

Medvik

archiv

Zdravotnické noviny, 1952(1)-1996(45)
  1952- - Časopisy / periodika - az-ip

VISK 2009

Medvik

archiv

Zprávy Československého Červeného kříže, 1920(1)-1936(16)
  1920-1936 - Časopisy / periodika - az-ip

VISK 2008

Medvik

archiv

Elektronické časopisy

V současné době má většina odborných tištěných časopisů i svou elektronickou verzi, některé již vychází pouze elektronicky. Trvalé a dlouhodobé uchování a zpřístupnění těchto elektronických verzí se stává stále důležitějším úkolem. NLK počátkem roku 2009 oslovila české nakladatele odborných biomedicínských časopisů, zda by měli zájem o službu dlouhodobé archivace a zpřístupnění elektronických verzí periodik v digitálním archivu NLK včetně následného propojení s bibliografickou databází Bibliographia medica Čechoslovaca (BMČ). Výsledkem této spolupráce jsou/budou následující archivovaná periodika:

Dokument, pouze část / Autor
Rok vydání - Fond - Licence
Vydavatel
Katalog Archiv

Adiktologie - ve zpracování

SCAN

Medvik

Aktuální gynekologie a porodnictví, 2009-
  2009- - Časopisy / periodika - lic-nlk-free

Aprofema

Medvik

archiv

Cardio3, 2001-2005
  2001-2007 - Časopisy / periodika - lic-nlk-reg

Rekesh Comp.

Medvik

archiv

Časopis lékařů českých - ve zpracování

ČLS JEP

Medvik

Česká kinantropologie, 2007(11, č.3)
  1997- - Časopisy / periodika - az-ip

Česká
kinantropologická společnost

Medvik

archiv

Praktický lékař - ve zpracování

ČLS JEP

Medvik

Staré tisky ze sbírky Zdravotnického muzea

Zdravotnické muzeum je součástí NLK. Spravuje následující sbírky: akologický kabinet, novější nástroje a přístroje, mince a medaile, Würtzova sbírka sošek, další hmotné památky vztahující se k dějinám lékařství, staré tisky, archiv. V DA jsou zatím k dispozici pouze monografie (cca 75 titulů). Mezi nejzajímavější patří:

Dokument, pouze část / Autor
Rok vydání - Fond - Licence
Katalog Archiv

La commare dell Scipione Mercurio / Mercurio, Girolamo
  1652 - Staré tisky / muzejní sbírky - az-free

Medvik

archiv

D. Ioannis Sculteti ... Wund-artzneyisches Zeug-Hauss
  1666 - Staré tisky / muzejní sbírky - az-free

Medvik

archiv

Gruntownij a dokonaly Regiment / Kopp z Raumenthalu, Jan
  1536 - Staré tisky / muzejní sbírky - az-free

Medvik

archiv

Instrumentarium chirurgicum Viennense / Brambilla, Giovanni Alessandro
  1781 - Staré tisky / muzejní sbírky - az-free

Medvik

archiv

Knižka o zachowanj dobrého zdrawj,
  ca 1500-1699] - Staré tisky / muzejní sbírky - az-free

Medvik

archiv

Orthopedické pomůcky / vypravilo Orthopedické družstvo Praha-Bubeneč, 1918-1928
  [1928] - Staré tisky / muzejní sbírky - az-free

Medvik

archiv

Uměnj porodnické, / Jungmann, Antonín Jan
  1842 - Staré tisky / muzejní sbírky - az-free

Medvik

archiv

Uwod k babenj / Jungmann, Antonín Jan
  1804 - Staré tisky / muzejní sbírky - az-free

Medvik

archiv

Závěrečné grantové zprávy IGA MZ ČR

NLK archivuje závěrečné zprávy Interní grantové agentury Ministerstva zdravotnictví ČR. Zprávy je možné využívat pouze absenčně v prostorách NLK. Pro velký zájem uživatelů začaly být zprávy v roce 2008 digitalizovány. Plné texty digitalizovaných závěrečných zpráv jsou standardně přístupné v souladu s Autorským zákonem pouze z počítačové sítě NLK. V případě souhlasu hlavních řešitelů (podepsáním Licenční smlouvy o užití díla) jsou díla volně přístupná přes Internet. Publikační činnost, která je přílohou závěrečné zprávy, je přístupná pouze z počítačové sítě NLK a je prolinkována do databáze BMČ (Bibliographia medica Čechoslovaca). Digitalizace zpráv probíhá postupně, přednostně jsou digitalizovány práce, u nichž je podepsána licenční smlouva. Výběr zdigitalizovaných prací:

Dokument, pouze část / Autor
Rok vydání - Fond - Licence
Katalog Archiv

Diagnostika akutní rejekce u pacientů po ortotopické transplantaci srdce pomocí detekce dárcovské DNA v seru příjemce / Málek, Ivan
  2008 - Granty / výzkumné zprávy - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Informační charakteristiky vývoje lékařské vědy a výzkumu (identifikace parametrů, tvorba databáze, vytvoření nástroje srovnávání) / Votípková, Marie
  2002 - Granty / výzkumné zprávy - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Klinický přínos stanovení enzymů purinového metabolizmu a metabolitů 6-merkaptopurinu při terapii azathioprinem u nemocných s ulcerózní kolitidou a Crohnovou chorobou / Lukáš, Milan
  2005 - Granty / výzkumné zprávy - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Malabsorpce žlučových kyselin u pacientů s Crohnovou chorobou jako predisponující faktor pro vznik pigmentové cholelithiázy / Lukáš, Milan
  2006 - Granty / výzkumné zprávy - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Myokarditida a časná stadia dilatační kardiomyopatie: vzájemná souvislost, diagnostika, přirozený průběh a léčba / Málek, Ivan
  1993 - Granty / výzkumné zprávy - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Olovo a některá rizika reprodukce / Pfeifer, Ivan
  1998 - Granty / výzkumné zprávy - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Podíl onemocnění jícnu v etiologii nekardiální bolesti na hrudníku / Lukáš, Milan
  1997 - Granty / výzkumné zprávy - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Renální postižení u pacientů s idiopatickými střevními záněty, nefrotoxicita mesalazinu / řešitel grantu Milan Lukáš
  2000 - Granty / výzkumné zprávy - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Spiroergometrie u nemocných se srdečním selháním / Málek, Ivan
  1997 - Granty / výzkumné zprávy - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Úloha intrarenálního endotelinového systému v rozvoji hypertenzního orgánového postižení / Vaněčková, Ivana
  2007 - Granty / výzkumné zprávy - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Zhodnocení vývoje, současného stavu a podmínek k zajištění zdravého tělesného, duševního a sociálního vývoje nové generace do roku 2010 / Pfeifer, Ivan
  2005 - Granty / výzkumné zprávy - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Konferenční materiály

Sborníky, prezentace, postery z konferencí, kongresů, workshopů apod. se řadí mezi tzv. šedou literaturu, kterou nelze získat v běžné distribuční síti. V posledních letech řada z nich vychází pouze v elektronické podobě.

Identifikace pohybových talentů: sborník z mezinárodní konference

Digital-born monografie

Stejně jako u periodik vycházejí některá monografická díla i elektronicky nebo jsou pouze v elektronické podobě. Pro zařazení online monografie do DA je nutné podepsat licenční smlouvu s NLK, případně musí být elektronická verze označená zveřejněna pod licencní CC. Tímto způsobem jsou/budou zpřístupněny publikace:

Dokument, pouze část / Autor
Rok vydání - Fond - Licence
Katalog Archiv

Drogy a drogové závislosti / Kalina, Kamil
  c2003 - Knihy / monografie - cc-by-nc-nd

Medvik

archiv

Drogy a drogové závislosti: propojování výzkumu, politiky a praxe / Hartnoll, Richard
  c2005 - Knihy / monografie - cc-by-nc-nd

Medvik

archiv

Interakce mezi léky při substituční léčbě opioidy
  2009 - Knihy / monografie - cc-by-nc-nd

Medvik

archiv

Léčba problémů spojených se zneužíváním drog / Gossop, Michael
  2009 - Knihy / monografie - cc-by-nc-nd

Medvik

archiv

Násilí na dětech - syndrom CAN / Hanušová, Jaroslava
  2006 - Knihy / monografie - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Prevence užívání drog mezi mladými lidmi / McGrath, Yuko
  2007 - Knihy / monografie - cc-by-nc-nd

Medvik

archiv

Sexuální zneužívání / Hanušová, Jaroslava
  2006 - Knihy / monografie - lic-nlk-free

Medvik

archiv

Současné možnosti léčby drogové závislosti z pohledu romských uživatelů drog / Sklenář, Ondřej
  2008 - Knihy / monografie - cc-by-nc-nd

Medvik

archiv

Srovnání užívání drog a jeho dopadů v krajích České republiky v roce 2002 / Lejčková, Pavla
  2004 - Knihy / monografie - cc-by-nc-nd

Medvik

archiv

Účinnost programů výměny sterilních jehel a stříkaček
při snižování rizika nákazy HIV/AIDS mezi injekčními uživateli drog / [editor českého vydání Viktor Mravčík]
  [2005] - Knihy / monografie - cc-by-nc-nd

Medvik

archiv

Vězeňství a nelegální drogy / (eds.) Michal Mirovský, Harald Spiring, Miloslava Havlíčková
  2003 - Knihy / monografie - cc-by-nc-nd

Medvik

archiv

Výměna jehel ve věznicích / Lines, Rick
  2006 - Knihy / monografie - cc-by-nc-nd

Medvik

archiv

Závěr

Další rozvoj DA NLK by měl směřovat k implementaci referenčního modelu OAIS (Open Archival Information System - standard ISO 14721). Stávající systém DA standardu OAIS vyhovuje pouze v dílčích aspektech. Sledujeme však vývoj nové verze Krameria, která by měla požadavky OAIS splňovat.

Klíčové pro další rozvoj digitálního archivu NLK je směřovat postupně k dosažení i dalších stanovených atributů důvěryhodného digitálního repozitáře, který by umožnil následnou certifikaci. Datová kapacita stávajícího úložiště je omezená a  se stoupajícím počtem  dokumentů ji bude potřeba rozšiřovat. Budování digitální knihovny NLK přináší nové technologické postupy. Zvětšuje se  objem digitalizačních prací, např. závěrečných grantových zpráv IGA MZ ČR a dokumentů ohrožených degradací kyselého papíru, u kterých již hrozí jejich nenávratná ztráta.

Důležitým aspektem je také persistentní identifikace objektů v DA pomocí systému identifikátorů (PID), předpokládáme v budoucnu zapojení do národního systému URN, který je řešen pracovní skupinou PID v souvislosti s projektem NK ČR Národní digitální knihovna. Podle posledních informací by měly být první identifikátory založené na číslech České národní bibliografie generovány již v letošním roce. Důležité pro využití v oblasti lékařských informací však je, zda PID navrhne takové schéma, které bude rozšiřitelné o další systémy identifikátorů, v našem případě číslo BMČ.

Aktuálně se však můžeme soustředit na rozvoj spolupráce s vydavateli a autory odborných lékařských publikací, kteří mají zájem o archivaci a zpřístupnění svých publikací a děl v DA NLK. Plánujeme návrh společného standardu pro předávání metadat časopisů, aby bylo možno zefektivnit zpracování dat od vydavatelů. Další důležitou oblastí  je průzkum  spolupráce se zdravotnickými knihovnami ČR. Digitální knihovna NLK  přináší  novou hodnotnou službu zdravotnickým  uživatelům.

Příbuzné položky
Digitální archiv
Seznam dokumentů