Vzniklo-li muzeum především jako „památník“ českého lékařského stavu, rozrůstá se od svého založení o hmotné památky i dokumenty vývoje všech oborů medicíny a dějin zdravotní péče v českých zemích. Základem muzejního fondu je sbírka lékařských a chirurgických nástrojů od 17. století do současnosti.
1. Akologický kabinet
Jádrem sbírky chirurgických nástrojů je akologický kabinet, zřízený roku 1809 profesorem
Josefem Antonínem Oechym při pražské lékařské fakultě k výuce akologie, nauky o nástrojích a obvazech. Po Oechyho smrti kabinet spravoval a z větší části popsal profesor
Vincenc Julius Krombholz. Akologický kabinet dokládá vývoj chirurgického instrumentária před nástupem asepse. Amputační a trepanační, gynekologické, urologické i zubní nástroje mají kostěné či dřevěné rukojeti a součásti, jejich formy však celokovové nástroje současné chirurgie zachovaly a dále rozvinuly.
Kloubový trepan...
Zubní nástroje: jednostranný a oboustranný pelikán k trhání zubů a zubních kořenů, poč. 18. století.
2. Novější nástroje a přístroje
Vlastní sbírka nástrojů Zdravotnického muzea, živená ze značné části dary lékařů a později zdravotnických zařízení, počala růst již se založením muzea ve 30. letech. Zahrnuje množství chirurgických nástrojů a jejich souborů, ale i diagnostické a terapeutické přístrojové techniky, převážně z konce 19. a 1. poloviny 20. století. V posledních letech se muzeum snaží mapovat – jakkoli je omezené prostorovými možnostmi – i lékařskou technologii nedávné historie.

Gärtnerův tonometr k měření tepenného tlaku, vynalezený rakouským patologem Gustavem Gärtnerem (1855-1937) roku 1899. Manometr je spojený s gumovým prstenem navlečeným na prst a měří sílu, nutnou k potlačení tepu v prstu.
3. Mince a medaile
Numismatická sbírka muzea obsahuje ca. 700 kusů mincí, medailí a plaket s lékařskou, zdravotnickou a farmaceutickou tematikou. Nejvíce medailí pochází z 18. a 19. století: nejstarší je
jednostranná medaile z r. 1527, litá z bronzu, s portrétem augsburského lékaře Johana Klainmuhlera. Nejnovější přírůstek je plaketa, již od r. 2008 uděluje MZ ČR „za rozvoj vzdělání porodních asistentek na vysokých školách.“ Reliéf plakety vychází z odznaku zkoušených porodních asistentek s obrazem sv. Marie Karlovské z 2. poloviny 18. století, který ve sbírce medailí rovněž nalezneme.
Podstatná část sbírky pochází z odkazu lékaře a numismatika
Antonína Mastného, ale sbírka rostla, z darů a odkazů, i v pozdějších letech. V r. 1992 ji odborně uspořádal lékař a numismatik
Jaroslav Obermajer.
Oválná litá medaile s ouškem pro provlečení stuhy s obrazem P. Marie Karlovské, ochránkyně rodiček, na lícní straně. Text na rubu říká: Zkoušená porodní asistentka podle medicinálního patentu z 24.7. 1753. Patent císařovny Marie Terezie upravil vyučování babictví a nařizuje, aby zkoušené porodní báby nosily toto označení na prsou.
4. Würtzova sbírka
Soubor 170 sošek z porcelánu, kovu, dřeva i slonové kosti, doplněný grafickými listy, s motivem handicapovaných a nemocných lidí , pochází ze sbírky německého defektologa a speciálního pedagoga Hanse Würtze (1875-1958). Sbírka, která si dosud žádá uměleckohistorického zpracování, představuje výsek z dějin reflexe tělesného postižení v užitém umění Evropy.
Figurky z Würtzovy sbírky: vlevo invalida s krticemi, textil a dřevo, vpravo dvě postavy invalidů se psem, dřebo a slonová kost. 19. století, zřejmě Německo.
5. Další hmotné památky
Sbírky muzea obsahují i další hmotné památky se vztahem k dějinám medicíny a zdravotnictví: ať už jsou to amulety, raně novověké i mladší, anatomické modely – zvláště cenné jsou dva modely rodičky pro výuku mediků – i obrazy a busty. Muzeum vlastní i menší soubor lékárenských nádob a dóz, ze dřeva, porcelánu a majoliky i cínu, stejně jako lékárniček běžné i homeopatické medicíny. Právě jako neoddělitelná dimenze lékařské vědy i dějin péče o nemocné nemůže farmacie – ač má na zámku Kuks své vlastní
České farmaceutické muzeum- zůstat stranou sbírek Zdravotnického muzea.
Model rodičky pro výuku mediků, snad Německo, přelom 17. a 18.století

Homeopatická lékárnička, přelom 18. a 19. století
6. Staré tisky
Muzeum spravuje sbírku starých tisků Národní lékařské knihovny. Knižní fond muzea - vedle knih z dějin medicíny, nutných k odborné práci muzea samotného - zahrnuje
(2) 800 knih tzv. Fritzovy knihovny, založené (1809) a budované paralelně s akologickým kabinetem prof.
Ignácem Františkem Fritzem pro studenty medicíny na pražské chirurgické klinice. Knihovna obsahuje především chirurgickou literaturu 18. a 19. Století.
(3) cca. 10 000 knih z různých lékařských oborů, které dokládají vývoj medicíny v českých zemích i v Evropě v 18.- 20. Století.
Antonín Jungmann (1775-1854), Úvod k babení (1804): vyobrazení porodnického křesla. Jungmannova učebnice byla první příručkou pro porodní asistentky v českém jazyce.
7. Archiv
Archiv muzea obsahuje cca 100 000 archiválií, získaných většinou z pozůstalostí význačných českých lékařů, ale také prameny k dějinám některých lékařských institucí, očkovací vysvědčení z minulého století či protiepidemická nařízení již z doby Marie Terezie. Významná je sbírka lékařských a farmaceutických diplomů (již od 18. století) nebo sbírja lékařských ex libris, založená v muzeu již brzy po jeho založení.
Diplom porodní babičky Františky Kyzevetrové, Olomouc, 1891.
Nařízení Marie Terezie z 2.2.1770 o opatřeních proti moru a jiným epidemiím.
Pravidlo pro řiditele a vykonavatele očkování kravských neštovic v cís. král. německých dědičných zemích z počátku 19. století.